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系统分区(System Partion)是Windows操作系统里常用的术语，主要指的是用于启动Windows的分区，通常该分区的根目录下，包含操作系统的启动文件(如boot.ini、ntldr等)。
装有操作系统的硬盘分区叫系统分区 (一般是C盘);
没有操作系统的硬盘分区叫非系统分区 (除C盘之外的，其他系统盘);
也就是说你的系统安装在哪个硬盘分区，哪个硬盘就叫系统分区，其他的分区叫非系统分区。
通俗点，就是把硬盘容量给拆分出来，方便维护和数据安全。假设你有个256g硬盘，自己分区，C盘100g，D盘156g，那么就分成了两个盘符，C盘里装的是系统，就叫系统分区，下次装系统也只是c盘的东西被覆盖，其他盘符数据不变。